大豆中的胰蛋白胨酶抑制剂是丝氨酸蛋白胨酶抑制剂的一部分，它可以和胰腺分泌的丝氨酸蛋白酶系发生反应，胰蛋白胨酶抑制剂与靶酶相互作用，通常如酶与底物之间的相互作用一样，属于互补型作用机理。两者反应时，抑制剂暴露在外的活动中心与靶酶的活动中心通过氢键相连接，形成稳定的共价型复合物，从而导致酶活动中心的闭锁，使靶酶的活性丧失，与通常的酶催化反应相比，蛋白胨酶与抑制剂之间反应的米氏常数很低，故蛋白酶与抑制剂的亲和力大，二者可以迅速结合形成复合物。形成一种类似于牛肉浸膏的物质。

    与一般酶的底物不同，抑制剂与酶结合后其活动中心的肽链并不裂解或裂解速度极慢。因此，该复合物虽然可以分解成游离的酶和变性或未变性的抑制剂，但解离速度非常缓慢。